克州维吾尔医医院前身是克州维吾尔医骨科医院，医院是在原自治区人大代表已故著名骨科主任医师沙木沙克.托乎提创建的阿图什市维吾尔医骨科医院基础上建立的。1985年，成立了阿图什市维吾尔医骨科医院，1991年更名为克州维吾尔医骨科医院，1992年迁入现址。2010年，医院在自治州党委、人民政府和上级卫生主管部门的关心支持下，经自治区中医民族医药管理局批准，医院名称正式变更为"克州维吾尔医医院"，同时成立了克州维吾尔医骨科研究中心。医院属自治州卫计委直属正县级事业单位。医院历经20余年的艰苦努力，从小到大、从弱到强，现已是克州地区医疗保险、商业保险、城乡居民医疗保险定点医疗单位。2010年被克州人民政府评为先进集体，被克州直属机关工委授予先进党支部，被克州党委授予先进基层党组织，自治州级精神文明单位称号；2012年被克州卫生局授予优秀支援单位，2013年被克州民宗委授予民族团结模范先进单位，被克州卫生局授予先进党支部；2014年评为二级甲等民族医医院等荣誉称号。

医院现有人员编制总数144人，定编床位180张，设置7个临床科室、3个医技科室，实有卫生人员总数216人，在职人员181人，外聘人员34人。高级职称11人，中级职称24人，初级职称127人。年门诊量达16599人次，住院3756人次。医院现占地面积为15800平方米，业务用房面积14000平方米，平均每床建筑面积为78平方米，基本满足医疗工作和社会需求。医院现有DR（图像信息管理系统）、彩色多普勒诊断仪（彩超）、牙科综合治疗椅、监护仪、呼吸机、麻醉机、全自动生化仪、C型臂、CMP上下肢康复恢复器等一批先进设备，拥有固定资产近4000万元。

围绕维吾尔医专科专病的优势，以骨科、妇科、康复科为重点，继续发挥民族医传统优势，完善中医民族医药特色科室建设。主要采用维西医相结合的诊疗方法对治疗各种骨科、内科（如：心血管、呼吸道、精神病、高血脂、高血压、贫血、消化系统、风湿病、男性病等）、妇科、肛肠等疾病具有独特的疗效和治疗效果，治愈率达到95%以上。同时在骨科上采用手法复位、小夹板固定、推拿、膏药穴位贴敷、中药熏蒸等中医民族医传统治疗方法，发挥维吾尔药"简、便、验、廉、效"的优势病症，受到患者的普遍赞誉。在康复临床治疗中充分体现维吾尔医特色疗法，科马特（药熏）治疗、尼克巴布（药蒸）疗法、特地民（涂油）治疗、帕雪雅（膝下药浴）治疗、针对各种骨质增生、腰椎间盘突出、坐骨神经痛、风湿、类风湿关节炎等各种常见病、多发病有独特的疗效和康复效果。