云南省中医医院1947年建院，1994年被评定为三级甲等中医医院，2007年被评为云南省中医名院，2012、2017年分别通过国家中医药管理局三级甲等中医医院复审。是集云南省135家省、州（市）、县（区）中医院和相关单位为一体的云南省中医医疗集团总医院。目前实行云南省中医医院、云南中医药大学第一附属医院、云南省中医医疗集团总医院、云南省针灸推拿康复医院、云南省中医皮肤病专科医院、云南中医药大学第一临床医学院六块牌子一套班子的管理运行模式。

医院系国家中医临床研究基地建设单位、国家中医药传承创新中心培育单位、国家中医药传承创新工程建设单位、国家药物临床试验机构、国家中医药国际合作基地、中医医院信息化示范单位、中医药文化建设示范单位、中医药标准研究推广基地建设单位、基层常见病多发病中医药适宜技术推广能力建设单位、全国城市社区中医药知识与技能培训示范基地、国家中医药服务出口基地。

医院建成和在建国家临床重点专科2个，国家中医药管理局重点专科10个，省级中医重点专科（专病）28个，国家区域中医（专科）诊疗中心3个、云南省区域中医（专科）诊疗中心6个，国家中医药管理局重点学科10个、省级重点学科4个，云南省中医临床医学中心3个、云南省医学临床研究中心1个、国家中医心血管临床医学研究中心分中心1个，国家中医药管理局重点研究室1个、国家级名医工作室20个、全国名中医工作室1个（孟如）、省级名医工作室5个、中医药特色优势学科继续教育基地4个，全国中医学术流派传承工作室1个、中医名科8个；有国家重大疑难疾病中西医临床协作试点项目1个，省级中西医协同协作基地建设项目2个；有云南省医疗卫生单位内设研究机构研究所1个、研究中心10个，省院士专家工作站8个，省科技创新团队2个、省高校科技创新团队3个、省高校重点实验室建设项目2个。获云南省科技进步一等奖2项，主持有国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家科技攻关计划、国家中医药管理局中医药行业专项项目等科研项目。2017年获批省级博士后科研工作站，2020年获批国家级博士后科研工作站。

目前有光华、滇池两个院区，编制床位1355张，开放床位1253张，现设有科室80个。另设有教研室9个；设有能生产13种剂型85个品种的现代化中药制剂中心1个；设有党总支6个，辖63个党支部。

截止2022年5月31日，共有职工2128人（含医编、教编、编制外、离退休职工），在岗职工1642人，离退休486人。在职职工中，医疗编制正式职工788人、编制外职工780人、教编74人。在职职工中，卫生专业技术人员1432人，其中副高及以上269人，硕士及以上418人。有国家级、省级等各级各类人才173人。

医院现已发展成为人才荟萃、技术力量雄厚、科室齐全、设备先进、中医、中西医诊疗体系完备，能够为广大人民群众提供不同层次的中医、西医、中西医结合医疗、保健服务的大型综合性中医医院。