鱼台县保健院位于县城内湖陵一路东、鱼新二路南，该院于1989年7月经县政府批准，由县妇幼保健站更名为妇幼保健所，由股级建制升格为副科级。1995年6月，经县政府批准，更名为妇幼保健院。2004年2月，根据上级文件精神，县级妇幼保健院应当与同级综合医院规格相等，县编委批准，县妇幼保健院升格为正科级。

2008年，妇幼保健院设14个科室，有妇产科、内儿科、中医科、放射科、生殖科、外科、社防科、婚检科、功能科、药剂科、护理科、检验科、财务科、办公室。