盱眙县中医院创建于1986年，1989年正式开诊。医院占地面积3.7万㎡，建筑面积约5.5万㎡，全院编制床位700张，每床建筑面积78.6㎡，在建面积13万㎡。2007年12月被确认为二级甲等中医医院，2008年12月成为南京中医药大学教学医院，2011年11月成为南方医科大学附属苏北医院、安徽中医药大学教学医院，2014年7月成为南京中医药大学翰林学院盱眙附属医院。2020年7月通过淮安市二级中医医院复核评价，2021年8月被确认为三级中医医院。医院现有职工925人，卫生技术人员740人，医师222人，高级职称88人，中级职称54人，硕士以上78人，中医硕士48人，中医在职博士2人、在读博士2人，中医类别执业医师136人，占比61.26%。全国基层名老中医药专家学术经验继承指导老师1人，江苏省名老中医药专家学术经验继承指导老师2人，淮安市名中医1人。医院现有临床科室负责人26人，中医类别9人，系统接受中医药专业培训并取得结业证书16人，中医类别执业医师资格人数和系统接受中医药专业培训并取得结业证书的人数共占临床科室负责人总数的比例为96.2%。医院医疗设备总价值1.4个亿，现有直线加速器、DSA、16排CT、64排128层CT、磁共振、彩超、胃肠镜等50万元以上医疗设备41台套。医院现有21个住院病区、26个临床科室、9个医技科室。医院坚持“强综合、大专科”的发展思路，集中资源，做大、做强、做精；现有江苏省中医重点专科1个：脑病科；淮安市中医重点专科5个：脾胃病科、内分泌科、心病科、骨伤科、肺病科（建设单位）；江苏省基层医疗机构中医特色科室建设单位：肺病科。省级重点专科脑病科、市级重点专科骨伤科开放床位数均达100张以上。

医院积极深化改革，通过多种合作形式促发展，2014年10月成为江苏省中医药学会高级专家科技服务站、2016年1月加入淮安市中医院集团，并先后成为南京都市圈中医医院协作发展联合体成员单位、江苏省中医院协作医院、江苏省第二中医院协作医院、河南省洛阳正骨医院协作医院、淮安市第一人民医院医疗技术协作医院，与江苏省人民医院合作共建江苏省急救网络医院、心脏病治疗中心分中心；与东南大学附属中大医院合作共建康复、疼痛诊疗、心脏病诊疗、介入治疗等医学中心盱眙分中心；与江苏省肿瘤医院、南京鼓楼医院建立良好合作关系，省市三级医院20多位医疗专家每周定期来院坐诊、查房和学术指导。在专家指导下，医院在医疗水平、人才培养、科研教学、科室管理等方面均有显著提升。按盱眙县卫健委规划，于2019年以我院为中心单位，与河桥、旧铺、明祖陵、桂五、铁佛等8个镇卫生院和社区卫生服务中心共建医联体，加强对基层社区卫生服务中心的中医技术帮扶，形成“1+8”中医医联体；与13家卫生院签订双向转诊协议，形成上联三甲、下带镇街，全面整体发展的良好格局。