伊犁州新华医院的前身是伊犁州友谊医院的传染科，1979年改建为传染病专科医院，命名为伊犁州新华医院。1985年州、地分设，新华医院划归伊犁地区，改建成地区级综合性医院，更名为伊犁地区人民医院。1995年通过国家二级甲等医院和国家爱婴医院评审。2001年原伊犁地区撤销，医院划归州直属单位，恢复原名伊犁州新华医院。