南山医院是一所集临床、预防为一体的现代化医院，占地面积1.6万平方米，建筑面积1.4万平方米，开放床位98张，拥有德国西门子螺旋CT、C型臂数字造影机、800毫安数字胃肠X光机、美国GE拍片机和日本东芝全自动生化分析仪等一系列先进医疗设备。医院设有心血管内科、消化内科、呼吸内科，周围血管病科、普外科、骨外科、疼痛科、显微外科、神经外科、泌尿外科、皮肤科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、妇科、中医科、针灸理疗科、手术麻醉科、预防保健科、药剂科、检验科、急救中心、影像中心、特检科、供应室等。其中周围血管病专科、骨外科、显微外科是我院的重点特色科室。南山医院在校区、宿舍区、商业区、居住区还设立了9个服务点（其中4个校区医务室、2个厂区医务室、3个社区服务站）。