中国人民解放军武装警察部队新疆总队医院始终坚持为士兵服务的方向不动摇；2005年补贴部队医疗费用701万元。200年11月14日，医院挂牌三甲医院；2006年7月28日，医院又荣膺全军"先进医院"、全军"信息化建设先进医院"、通过iso9001：2000国际质量认证五项殊荣。