黑龙江中医药大学附属第二医院的前身为黑龙江中医学院附属医院门诊部。于1963年3月1日正式成立，地处哈尔滨市南岗区原奋斗路357号，占地面积约2000平方米，建筑面积约3200平方米。1992年8月3日，省编委下发文件，正式批复成立"黑龙江中医学院第二附属医院（针灸推拿专科医院）"。1992年8月8日，黑龙江中医学院附属第二医院正式挂牌成立。建院时，设病床200张，拥有房舍7000余平方米。1995年10月25日，国家中医药管理局批准黑龙江中医学院附属二院为"全国中医中风病医疗中心建设单位"。1996年4月，"全国中医中风病医疗中心"在医院成立。1996年，医院更名为"黑龙江中医药大学针灸推拿学院暨附属第二医院"。

黑龙江中医药大学附属第二医院位于黑龙江省哈尔滨市南岗区果戈里大街411号，始建于1963年，占地面积12632平方米，总建筑面积44134平方米，是一所集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等中医医院，是哈尔滨市医保定点医院，是国家首批重点中医院（现代化中医医院）建设单位、国家中医医院中医药文化建设试点单位、全国中医中风病医疗中心建设单位、全国第二批节约型公共机构示范单位、黑龙江省针灸推拿康复医疗中心、黑龙江省中医精准康复中心、第十七届黑龙江省文明单位标兵。