1959年创立的杏林医院，是一家集医疗、急救、公共卫生、预防、保健、科研、教学为一体的综合性医院。她地处杏林台商投资区，占地面积72.3亩，建筑面积55140平方米。2003年6月，杏林医院并入厦门大学附属第一医院，更名为厦门大学附属第一医院杏林分院，以“做大专科，完善综合”为发展目标，让分院承担了全市公共卫生突发事件救治基地与传承历史、呵护杏林人民健康的双重重任。分院目前实际开放床位401张，日平均门诊量1206人次，在职医务人员505人。拥有肺科、感染性疾病科、神经外科、外一科、外二科、妇产科、内科、儿科、康复科、耳鼻喉头颈外科、麻醉手术室、急诊科、客户服务部（门诊）、放射科、检验科、功能检查科等18个临床和医技科室。其中，肺科是根据厦门市人民政府《关于建设市传染病救治机构和疾病控制中心等公共卫生机构的批复》（厦府[2003]281号）的决定，于2004年6月，由市第二医院肺科（原鼓浪屿肺科）成建制划归市第一医院管理并落户分院的。近几年来，肺科的专科水平不断提高，是厦门市结核病防治的定点科室。目前主要收治重症、难治性肺结核及各系统结核病、肺部肿瘤性疾病、呼吸内科各种急重症、疑难病，是全市防治非典型肺炎、禽流感、甲型H1N1流感的定点科室之一。感染性疾病科是2006年初根据《批复》要求新组建的感染性疾病防治专科，经过三年多建设和发展，专科水平迅速提高，已成为厦门地区肝病及各类感染性疾病防治的重点科室之一，也是应对公共卫生突发事件的重点科室之一。为了全面承担起公共卫生突发事件救治任务，分院于2007年11月正式成立神经外科，目前已初步建成了以神经外科、普外科、骨科、肝胆外科为主的创伤外科急救中心，使交通事故等所造成的颅脑损伤及其他创伤得到更加及时、有效的救治。肺科和感染性疾病科是第一医院的一级科室。外科、妇产科、儿科、耳鼻喉头颈外科、急诊科、放射科、检验科、药剂科等科室与总院实行一体化管理。外一科和外二科可开展肝胆胰血管、普外、骨、胸、创伤、泌尿等手术；妇产科门诊能开展无痛人流、宫颈疾病筛查与治疗、输卵管通液及造影术等，并率先在全市开展出生缺陷监测、胎儿监护、新生儿复苏培训、无痛分娩等；内科以心内科为主，可开展心脏电生理检查、冠心病定位诊断、24小时动态心电图、24小时动态血压、光量子氧透射治疗。儿科主要负责各类儿科疾病的诊治和儿科危重病人的抢救。在总院的大力支持下，分院的医疗设备得到显著改善，并且和总院主要辅助医疗科室实行了医疗资源共享，大大提高了分院实施对各种危、急、重及疑难病症的诊断及抢救治疗水平。

2007年8月，投资近1亿元的杏林医学中心大楼投入使用。分院按照应对公共卫生突发事件的要求，设立了呼吸（肺科）、肠道及肝病等感染病防治科室，严格按照隔离要求设置专科门诊和病区，实行封闭式治疗与管理，确保分院其他科室及周边群众工作生活不受任何影响。该楼作为全市应对公共卫生突发事件的基地，在使用上采用平战结合的办法，即平时进行常见感染病防治，发生公共卫生突发事件后，立即转为应对公共卫生突发事件的战场。近年来在肺结核、肝病、甲流、手足口病等疾病防治工作中做出了积极的贡献，得到上级和社会的肯定。