曲阜市中医院始建于1987年，现已发展成为一所占地46亩，业务用房4万余平方米，编制床位516张，年门诊病人40余万人次，出院病人2.5万人次，业务收入2.66亿元，集医疗、预防、教学、科研、保健和康复为一体的综合性三级甲等中医医院。

医院以"三名"战略为总抓手，坚持走"名医、名科、名院"品牌建设之路。目前医院拥有职工825名，其中副高级以上专业技术人员60名，硕士75名；全国基层名老中医药专家1人，山东省名中医药专家2人，山东省中医临床骨干3人，济宁市名中医药专家3人，曲阜市名医10人；燕京刘氏伤寒流派传承弟子4人，龙砂医学流派传承弟子6人，中国工程院院士、国医大师石学敏传承弟子4人。医院现有临床科室27个，医技科室13个，设立中医综合治疗室15个，国家、省、市级重点科室11个，其中针灸康复科为国家中医药管理局批准的"农村医疗机构针灸康复特色专科"；骨伤科、肿瘤科、儿科为山东省重点中医专科，骨伤科、肿瘤科、肛肠科、康复科、重症医学科、中医护理、脑病科、神经外科为济宁市重点专科。肺病科、骨伤科、心病科入选齐鲁中医药优势专科集群建设单位。

医院配备美国GE公司最新研制的超高端宝石能谱CT和山东省首台1.5T静音核磁共振、血管造影机、美国瓦里安直线加速器、意大利GMM和德国西门子数字胃肠机、肿瘤综合治疗设备、飞利浦高端彩超、西班牙赛德科DR、高压氧舱、血液透析机、全自动生化分析仪、腹腔镜、宫腔镜、椎间孔镜、关节镜、神经外科眼科手术显微镜、体内体外碎石机、超声刀、中药浓煎剂膏方制作等大型医疗设备200余台（套）。拥有高标准层流净化ICU、手术室，急救能力达到同级综合医院水平。骨伤科、肿瘤科、妇科、普外科、神经外科、肾外科、耳鼻喉科微创、介入治疗技术在医院广泛开展，多项技术及设备填补曲阜市空白,医院整体实力居全市中医医院前列。

2013年，医院成功创建三级甲等中医医院，2018年顺利通过三甲复审，综合服务能力进一步提升，为全国爱婴医院、山东省中医住院医师规范化培训基地、山东中医药高等专科学校非隶属附属医院、山东中医药大学教学医院、济宁医学院非隶属附属医院、济宁学院实践教学基地，先后建有国家中医药管理局龙砂医学流派传承工作室曲阜推广工作站、燕京刘氏伤寒流派传承工作室、石学敏国医大师传承工作室、全国名老中医药专家肖承悰传承工作室，承担了多项省市级科研课题，学术交流平台更加广阔，医教研工作能力不断提升。先后荣获"山东省文明单位"、"山东省优质服务百佳医院"，"山东省中医药文化建设示范单位"、"济宁市中医工作先进集体"、"示范中医医院"等荣誉称号。